ヘン書院

色々と覚えたこととか書いていきます
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[Dyooji]

[論文]







2009
001
坂牧隆司,成見哲,泰岡顕治, "グラフィックカードを用いた水表面張力の高速分子動力学シミュレーション", 情報処理学会論文誌.コンピューティングシステム, 2, 2(2009), 89-97.
002
Rio Yokota, Tetsu Narumi, Ryuji Sakamaki, Shun Kameoka, Shinnosuke Obi and Kenji Yasuoka, "Fast multipole methods on a cluster of GPUs for the Meshless simulation of turbulence", Computer Physics Communications, 180, 11(2009), 2066-2078.
003
Hun Joo Myung, Ryuji Sakamaki, Kwang Jin Oh, Tetsu Narumi, Kenji
Yasuoka, and Sik Lee, "Accelerating molecular dynamics simulation
using graphics processing unit", Bulletin of the Korean Chemical
Society, 31, 3639-3643(2010). DOI: 10.5012/bkcs.2010.31.12.3639
004
Tetsu Narumi, Tsuyoshi Hamada, Keigo Nitadori, Ryuji Sakamaki, and Kenji Yasuoka, "Fast quasi double-precision method with single-precision hardware to accelerate scientific applications", International Journal of Computational Methods, 8, (2011), 561.
005
Ryuji Sakamaki, Amadeu K. Sum, Tetsu Narumi, and Kenji Yasuoka, "Molecular dynamics simulations of vapor/liquid coexistence using the nonpolarizable water models", Journal of Chemical Physics, 134, 124708 (2011). DOI: 10.1063/1.3574038 (Vir. J. Bio. Phys. Res., 21, 7.)
006
Ryuji Sakamaki, Amadeu K. Sum, Tetsu Narumi, Ryo Ohmura and Kenji Yasuoka, "Thermodynamic Properties of Methane/Water Interface Predicted by Molecular Dynamics Simulations", Journal of Chemical Physics, 134, 144702 (2011). DOI: 10.1063/1.3579480


[受賞歴]



001
第21回分子シミュレーション討論会(分子シミュレーション研究会主催)学生優秀発表賞, "ビデオゲーム用ハードウエアを用いた高速分子動力学シミュレーション", 金沢, 2007.
002
第25回分子シミュレーション討論会(分子シミュレーション研究会主催)学生優秀発表賞, "Direct Coexistence 法を用いた固液または気液平衡の分子シミュレーション", 東京, 2011.


[学会発表,依頼講演]












































2007
001-Tetsu Narumi, Ryuji Sakamaki, Shun Kameoka, Makoto Taiji, and Kenji Yasuoka, "Special-Purpose Computers and Video-GameConsoles as a High Performance Computing Platform for Molecular Dynamics Simulation", The 9th High Performance Computing International Conference & Exhibition, Seoul, Korea, Sep., 2007.
002P坂牧 隆司, 成見 哲, 泰岡 顕治, "グラフィックカードを用いた高速分子動力学シミュレーション", 次世代スーパーコンピューティング・シンポジウム2007, P-20, 東京, 2007年10月.
003P坂牧 隆司, 成見 哲, 泰岡 顕治, "ビデオゲーム用ハードウエアを用いた高速分子動力学シミュレーション", 第21回分子シミュレーション討論会, 101-P, 金沢, 2007年11月.
第21回分子シミュレーション討論会学生ポスター賞受賞
004-成見 哲,坂牧 隆司,梅津 亮,小西 史一,泰地 真弘人,泰岡 顕治, "専用・準汎用アクセラレーターとKNOPPIX で楽しむ分子動力学シミュレーション", 並列生物情報処理イニシアティブ第8回シンポジウム, 東京, 2007年11月.
2008
005O成見 哲,坂牧 隆司,泰岡 顕治, "CUDAによる高速分子動力学計算", Japan CUDAカンファレンス2008, 東京, 2008年3月.
006PRyuji Sakamaki, Tetsu Narumi, and Kenji Yasuoka, "Large Scale Molecular Dynamics Simulation using Graphic Processing Unit", International Symposium on Multi-scale Simulations of Biological and Soft Materials, Tokyo, Jun., 2008.
007-Shun Kameoka, Ryuji Sakamaki, Toshiki Mima, Tetsu Narumi, and Kenji Yasuoka, "Acceleration of molecular dynamics simulation of liquid crystals", International Symposium on Multi-scale Simulations of Biological and Soft Materials, Tokyo, Jun., 2008.
008-Tetsu Narumi, Ryuji Sakamaki, Shun Kameoka, Rio Yokota, Shinnosuke Obi, and Kenji Yasuoka, "Using Special-Purpose and Video-Game Computers for Accelerating Particle Based Simulations", International Symposium on Multi-scale Simulations of Biological and Soft Materials, Tokyo, Japan, Jun., 2008.
009-亀岡 駿,坂牧 隆司,美馬 俊喜,成見 哲,泰岡 顕治, "専用・準汎用計算機を用いた液晶の分子動力学シミュレーション", 第45回日本伝熱シンポジウム, 筑波, 2008年6月.
010-Tetsu Narumi, Ryuji Sakamaki, Shun Kameoka, and Kenji Yasuoka, "Using Special-Purpose and Video-Game Computers for
Accelerating Molecular Dynamics Simulations", 3rd International
Workshop MSSMBS'08, Dubna, Russia, Sep., 2008.
011ORyuji Sakamaki, Ryo Ohmura, Tetsu Narumi, and Kenji Yasuoka, "Molecular Dynamics Simulation of water/methane Interface", 15th International Conference on Properties of Water and Steam, Berlin, Germany, Sep., 2008.
012O坂牧 隆司,成見 哲,大村 亮,泰岡 顕治, "水気液界面の分子動力学シミュレーション", 第29回日本熱物性シンポジウム, 東京, 2008年10月.
013O坂牧 隆司,成見 哲,泰岡 顕治, "GPUを用いた大規模分子動力学シミュレーション", 第21回計算力学講演会, 沖縄, 2008年11月.
014-亀岡 駿, 坂牧 隆司, 成見 哲, 泰岡 顕治, "専用・準汎用計算機による液晶のMDシミュレーション", 第21回分子シミュレーション討論会, 111-P, 岡山, 2008年11月.
015-Tetsu Narumi, Ryuji Sakamaki, Shun Kameoka, and Kenji Yasuoka, "Overheads in Accelerating Molecular Dynamics Simulations with GPUs", The Ninth International Conference on Parallel and Distributed Computing, Applications and Technologies (PDCAT'08), Dunedin, New Zealand, Dec., 2008.
016-横田 理央,成見 哲,坂牧 隆司,亀岡 駿,小尾 晋之介,泰岡 顕治, "GPU上で高速多重極法を用いた乱流のメッシュフリー解析", 第22回数値流体力学シンポジウム, 東京, 2008年12月.
2009
017O坂牧 隆司, 成見 哲, 泰岡 顕治, "グラフィックカードを用いた水表面張力の高速分子動力学シミュレーション", HPCS2009, 東京, 2009年01月.
018-Tetsu Narumi, Tsuyoshi Hamada, Keigo Nitadori, Ryuji Sakamaki, Shun Kameoka, Kenji Yasuoka, "High-Performance Quasi Double-Precision Method Using Single-Precision Hardware for Molecular Dynamics Simulations with GPUs", HPC Asia 2009, Kaohsiung, Taiwan, Mar., 2009.
019-成見 哲, 坂牧 隆司, 泰岡 顕治, "分子動力学シミュレーションのGPU による高速化", 第14回計算工学講演会, 東京, 2009年05月.
020-Rio Yokota, Tetsu Narumi, Ryuji Sakamaki, Shun Kameoka, Kenji Yasuoka and Shinnosuke Obi, "DNS of Homogeneous Turbulence Using Vortex Methods Accelerated by the FMM on a Cluster of GPUs", Parallel Computational Fluid Dynamics (ParCFD) 2009, California, USA, May., 2009.
021O坂牧 隆司, 大村 亮, 成見 哲, 泰岡 顕治, "水/メタン気液界面の分子動力学シミュレーション", 第46回伝熱シンポジウム, 京都, 2009年06月.
022PRyuji Sakamaki, Ryo Ohmura, Tetsu Narumi, Kenji Yasuoka, "Calculation of Thermodynamics Properties on Methane/Water Interface Using Fast Molecular Dynamics Simulation", The third Mini-Symposium on Liquids, Okayama, Japan, Jun., 2009.
023-Rio Yokota, Tetsu Narumi, Ryuji Sakamaki, Kenji Yasuoka and Shinnosuke Obi, "Fast Multipole Methods on GPUs for the Meshfree Simulation of Turbulence", 10th US National Congress on Computational Mechanics, Ohio, USA, Jul., 2009.
024O坂牧 隆司, 成見 哲, 泰岡 顕治, "依頼講演:CUDAを用いた分子動力学シミュレーションの高速化", 平成21年第1回神戸シミュレーションスクール, 金沢, 2009年9月.
025O坂牧 隆司, 成見 哲, 泰岡 顕治, "分子動力学シミュレーションにおけるParticle Mesh Ewald法のGPUへの実装と評価", 第22回計算力学講演会, 金沢, 2009年10月.
026P坂牧 隆司, 成見 哲, 泰岡 顕治, "CUDAを用いた分子間相互作用計算高速化ライブラリの評価および気液界面物性の計算", 第23回分子シミュレーション討論会, 名古屋, 2009年11月.
2010
027PRyuji Sakamaki, "Accelerating Molecular Simulations for the Study of Clathrate Hydrate on Graphic Processing Units", The 2nd International Symposium on Symbiotic, Safe and Secure System Design, Yokohama, Feb., 2010.
028-Hayato Aida, Ryuji Sakamaki, Fumihito Takeuchi, Ryo Ohmura, Amadeu K. Sum, Kenji Yasuoka, "Calculation of Phase Equilibrium Condition and Occupancy Ratio of Clathrate Hydrate by Gibbs Ensemble Monte Carlo", Clathrate Hydrates and Technology Innovations - Challenges Toward a Symbiotic Energy Paradigm, Yokohama, Japan, Mar., 2010.
029PRyuji Sakamaki, Ryo Ohmura, Tetsu Narumi, Kenji Yasuoka, "Potential Model Dependency of Thermodynamical Properties on Methane/Water Interface", Clathrate Hydrates and Technology Innovations - Challenges Toward a Symbiotic Energy Paradigm, Yokohama, Japan, Mar., 2010.
030ORyuji Sakamaki, Ryo Ohmura, Tetsu Narumi, Kenji Yasuoka, "Accelerating molecular simulations to investigate the properties of clathrate hydrate by using Graphic Processing Units", Telluride Workshop on the Microscopic Description of Gas Clathrate, Telluride, Colorado, Jul. 12-16, 2010.
031ORyuji Sakamaki, Tetsu Narumi, Kenji Yasuoka, "Accelerating Molecular Dynamics Simulation on GPGPU", 9th World Congress on Computational Mechanics and 4th Asian Pacific Congress on Computational Mechanics, Sydney, Australia, Jul. 19-23, 2010.
2011
032-Kazuaki Takahashi, Ryuji Sakamaki, Rio Yokota, Tetsu Narumi, and Kenji Yasuoka, International Conference on Computational Science ICCS 2011, Tsukuba, Japan, Jun. 1-3, 2011.
033PRyuji Sakamaki, Amadeu K. Sum, Tetsu Narumi, Kenji Yasuoka, "Phase equilibria for common water models", The 5th International Mini-Symposium on Liquids, Okayama, Japan, Jul. 25-26, 2011.
034PRyuji Sakamaki, Kenji Yasuoka, Eric M. Grzelak, David T. Wu, Ryo Ohmura, and Amadeu K. Sum, "Calculation of interfacial tensions between hydrate and liquid phases using molecular simulation", 7th International Conference on Gas Hydrates ICGH7 2011, Edinburgh, Scotland, Jul. 17-21, 2011.
035P Ryuji Sakamaki, Amadeu Sum, Tetsu Narumi, Kenji Yasuoka, "Solid/liquid and liquid/vapor equilibria for common water models", 8th liquid matter conference, Wien, Austria, Sep. 6-10, 2011.
036PRyuji Sakamaki, Rio Yokota, Tetsu Narumi, Kenji Yasuoka, "Accelerating Classical Molecular Simulations on a GPU cluster", The 2nd international symposium on "Multi-scale Simulations of Biological and Soft Materials" (MSBSM 2011), Kyoto, Japan, Sep. 10-12, 2011.
037O坂牧 隆司, アマデウスム, 成見 哲, 泰岡 顕治, "様々な水モデルに対する気液および固液界面の分子動力学シミュレーション", 第32回日本熱物性シンポジウム, 東京, 2011年11月21-23日.
038P坂牧 隆司, アマデウスム, 成見 哲, 大村 亮, 泰岡 顕治, "Direct Coexistence 法を用いた固液または気 液平衡の分子シミュレーション", 第25回分子シミュレーション討論会, 東京, 2011年12月5-7日. 第25回分子シミュレーション討論会学生ポスター賞受賞


[その他,セミナーなど]








2009
-ORyuji Sakamaki, Tetsu Narumi, Kenji Yasuoka, PME on GPU, Prof. Martin Karplus' group, Harvard University, Boston, Jul. 25, 2008.
-ORyuji Sakamaki, Tetsu Narumi, Kenji Yasuoka, Accelerating the molecular dynamics simulations with Graphics Processing Unit, KISTI Supercomputing Center, Daejeon, Korea, Jul. 3, 2009.
-O坂牧隆司,成見哲,泰岡顕治,GPUを用いた分子動力学シミュレーションの高速化, 東京工業大学大学院情報理工学研究科計算工学専攻秋山研究室, 2009年7月16日.
2010
-ORyuji Sakamaki, Tetsu Narumi, Kenji Yasuoka, Accelerating Various Molecular Simulations on a GPU Cluster, KISTI Supercomputing Center, Daejeon, Korea, Feb. 24, 2010.
-ORyuji Sakamaki, Tetsu Narumi, Kenji Yasuoka, Developing molecular simulation code on a GPU, Colorado School of Mines, Golden, US, Jun. 3, 2010.

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sakamaki

大手化学メーカ勤務の後、2015年よりフリーの技術者として活動中
趣味はクラリネット演奏

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